Seiskarin viimeinen matkailukesä oli 1939, samana syksynä saari evakuoitiin. Väestö siirrettiin aluksi Kymenlaakson seudulle ja sieltä edelleen Turun saaristoon; Merimaskuun, Rymättylään ja Kustaviin. Seiskari-seuran toiminta jatkui sodasta huolimatta, nyt kuitenkin tarkoitukseltaan muuttuneena, kotinsa iäksi menettäneiden saarelaisten yhdyssiteenä. 

Vuosikertomus Seiskari-seura r.y. toimivuodelta 1939

[...] Katsellessa kulunutta toimivuotta, kun ravintolamme myynti oli 132.654:- markkaa, kesävieraita kävi 821 henkeä ja ravintolamme jättämä nettovoitto 14.894:03, huomaa hyvin millä vauhdilla seuramme toiminta oli kehittymässä suotuisaan suuntaan. Sitä katkerampaa onkin nyt todeta, että kaikki on nyt kerrallaan menetetty. Mutta älkäämme antako taloudellisen menetyksen lannistaa itseämme, vaan pitäkäämme päämme pystyssä ja kiittäkäämme armeijaamme, joka kaikkivaltiaan avulla on jaksanut turvata meille vapaan, vaikkakin supistetun, itsenäisen isänmaan. [...]

Merimaskussa lokakuun 9 päivänä 1940

Toivo R Rytkölä / Juho Heikkola

Seiskari-seuran toiminta hiipui 1961; saarelaiset olivat asettuneet hajalleen pääasiassa Suomen rannikkokuntiin eikä seuran toimintaa katsottu tarpeelliseksi jatkaa. Seuran varoin kustannettiin 1958 kirja Seiskaria sanoin ja kuvin.